Quantum of Science

Ukoliko sumnjate da ste inficirani   koronavirusom SARS-CoV-2 i imate COVID-19, možete uraditi brzi antigenski test (BAT, na engleskom lateral flow test – LFT, rapid antigen test - RAT) ili PCR test. Međutim, koji je bolji, koji je precizniji? Ljudi se često odlučuju na brze antigenske, jer su jeftiniji i mnogo pristupačniji, pošto se sada mogu nabaviti i u apetokama. U slučaju da im ovaj test bude pozitivan, ljudi idu i na PCR testiranje. Ali, koliko dobro ovi testovi detektuju omikron varijantu?   Kako se razlikuju brzi antigenski test (BAT) i PCR? I brzi antigenski test test i PCR (preciznije, qRT-PCR koji se koristi za RNK viruse) koriste briseve, neki BAT u uputstvu navode da bris treba biti i nosnica i ždrijela, a i kod PCR se u nekim slučajevima uzima ili samo bris iz nosa ili i nos i ždrijelo. Koronavirus ima tendenciju da se povuče iz nosa nešto kasnije u donje dijelove dišnih puteva, pa se, ako je prošlo više dana od pojave simptoma radi se i bris ždrijela. A...

Novi sojevi  virusa – britanski, brazilski, kalifornijski, njujorški, južnoafrički i koji sve ne – imaju nekoliko mutacija, a za britanski se već pokazalo kako ima mutacije koje dovode do promjena u proteinu šiljka (Spike protein) virusa.  Radi s o proteinu koji omogućava ulazak virusa u naše ćelije tako što se, preko još jednog proteina, spaja s receptorima ACE2 na membrani ćelija. Te promjene omogućavaju veći afinitet virusa za ćelije.  U suštini, to ne znači da se bolest mnogo promijenila i da ćemo vidjeti mnogo strašije simptome. Međutim, znači da više virusa može napasti naše ćelije i da se virus lakše širi s ćelije na ćeliju inficirane osobe, zahvatajući više ćelija. Ovo može značiti da će klinička slika kod oboljelih biti teža, jer će im više plućnog tkiva i tkiva ostalih organa biti zahvaćeno virusom. Jedno od pitanja na koje građani žele znati odgovor jeste to da li su postojeći PCR testovi i dalje efikasni, odnosno, da li će se virus moći detektovati, bez obzi...

Uzimanje brisa za PCR, Izvor: Mayo klinika  Nazalni bris (preciznije nazofaringealni bris) koji se koristi za uzimanje uzorka pri PCR testiranju na COVID-19 nije mačiji kašalj. Kažu, ako vam oči ne zasuze, nije dobro urađen. Par sekundi neugodnosti i čudnog osjećaja. Da, štapić kojim se uzima uzorak osoba koja ga uzima mora duboko gurnuti kroz nosnicu. Vrlo brzo nakon što se počelo pričati o ovom testiranju i uzimanju uzorka, javile su se se viralne netačne vijesti i priče da se na ovaj način može oštetiti barijera mozak-krv i oštetiti mozak. Anatomija mozga i moždanih komora ipak nije toliko fragilna i nježna i nije moguće da se napravi rupa u membrani - moždanoj ovojnici preko koje će iscuriti cerebrospinalna tekućina i komadi mozga. No, nedavno je ova priča ponovo postala aktuelna i opet se dijele poruke kako je uzimanje brisa za PCR opasno. Naime, prije nekoliko dana je u JAMA Otolaringology Head & Neck Surgery izašao rad-opservacija slučaja kada je kod žene kojoj je rađen...

PCR (pi-si-ar, prema pravilima spelovanja u engleskom jeziku) je akronim za Polymerase Chain Reaction, odnosno lančanu reakciju polimeraze, proceduru koju je 1983. razvio nobelovac Kary Mullis. Ovom metodom naučnici povećavaju broj – vrše amplifikaciju – određenih segmenata nukleinskih kiselina, odnosno nasljednog materijala. Originalno, PCR je bio metoda amplifikacije segmenata DNK, a kasnije je razvijena i inačica koja amplificira RNK. Svrha PCR-a jeste da se stvori dovoljno genetičke sekvence koja bi se mogla detektovati i analizirati. O samom PCR-u  i kako se on radi pisala sam u tekstu "PCR: boldiranje DNK". Međutim, šta ako trebamo amplificirati RNK, recimo ako tražimo neki RNK virus, kojima ima isključivo ovu molekulu kao "urnek" za sintezu svojih komponenti? Naime, obje ove molekule – i DNK i RNK – predstavljaju nasljedni materijal, s određenim razlikama u strukturi. Obično se DNK sastoji od dva lanca koji imaju različite smjerove i uvijeni su u...

Šta pokazuje PCR test na COVID-19 tj. na virus koji izaziva ovu infekciju? PCR test je test kojim detektujemo prisustvo virusnog genetičkog materijala. U slučaju virusa SARS-CoV-2, to su sekvence ribonukleinske kiseline - RNK. Virusi mogu sadržavati samo ili DNK (recimo, virusa herpesa) ili sa RNK - nikako obje molekule, dok naše ćelije i ćelije drugih živih bića (bakterije, gljive, biljke, životinje) sadrže i RNK i DNK. Virusi nisu živa bića - to su infektivne čestice, infektivni entiteti koji nemaju samostalan metabolizam i ne mogu se samostalno replicirati tj. umnožavati. Za to im je potreban neki domaćin. Virusi "kidnapuju" nasljedni materijala domaćina i natjeraju ga da umjesto svojih proteina proizvodi komponente virusa.  PCR test pokazuje da li trenutno imate aktivnu infekciju , ali je potrebno da se dovoljno virusa replicira u vašim disajnim organima, da bi se mogao detektovati. To znači da ne možemo pokazati infekciju u ranim fazama inkubaci...