Postovi

Prikazuju se postovi od travanj, 2016

Vid Pečjak (1929-2016), profesor Univerziteta u Ljubljani – Div među studentima

Slika
In memoriam Bojan Šošić   Od Vida Pečjaka sam naučio danas zastarjelu izreku kojom su Nijemci nekada profesore definisali kao – vječite studente. U našem vremenu ova sintagma je uglavnom izgubila tu konotaciju te se praktično isključivo shvata prilično doslovno. Istina, studenti nisu što su nekad bili, ali nisu ni profesori. Nije slučajno što se zaboravlja ovakva definicija koja je opisivala nekadašnji šarm, pa i komfor profesorskog poziva.  Vid Pečjak (1929. - 2016.). Izvor: Bojan Šošić Na Zapadu profesori danas znatno više nego prije slijede diktat birokratije njihovih sveučilišta te različitih agencija koje nude mogućnosti finansiranja istraživačkih projekata. O tipičnim univerzitetskim nastavnicima novije generacije u Bosni i Hercegovini ne želim govoriti, niti je toj temi ovdje mjesto. 27. februara ove godine psihologija je ostala bez svog vječnog studenta, Vida Pečjaka. Učenik Mihajla Rostohara i Charlesa Osgooda te saradnik v

Usavršavanje tehnologije CRISPR

Slika
Medijima u svijetu su puna usta CRISPR/Cas 9 tehnologije. Naši mediji tu i tamo površno spomenu ovu tehnolgiju editovanja DNK. Kada sam prije možda godinu dana jednog našeg vrlog genetičara pitala šta su to tačno Clustered   regularly-interspaced short palindromic repeats (=CRISPR) , nije mi znao odgovoriti, nije nikad ni čuo za to. Nadam se da je ovaj termin danas poznat svim genetičarima u regionu, to je novi big-crush biotehnolgije - svi su zaljubljeni u CRISPR. Osim što CRISPR sistem može izrezati neko pogrešno slovo, on može i u DNK ugraditi ispravnu sekvencu, ako samo brisanje nije dovoljno. Nisam jednom pisala o ovoj tehnologiji, koja je bazirana na enzimima za reparaciju DNK kod prokariota. Nisam jednom pisala ni o nedostacima  ove tehnologije : o opasnosti od off-target promjena na DNK, koje su neka vrsta kolateralne štete upotrebe CRISPR. Zašto je tako? Genomi ne vole da ih se dira i kada ih se rastavi, oni se pokušavaju ponovo sastaviti, uzimajući azotne baze A,C

Kako zaštititi velike sisare od izumiranja - slučaj vukova na Isle Royale i medvjedića sa planine Zec

Slika
Osim vijesti o devastaciji Velikog koralnog grebena, evo još strašnih i tužnih vijesti. Vuk i vučica na slici gore su par vukova iz Nacionalnog parka Isle Royale  u Michiganu (Isle Royale je ostrvo u Lake Superior) i - ovo je ona tužna činjenica - oni su polubrat i polusestra te istovremeno otac i kćerka. Ovoj populaciji vukova je odzvonilo, toliko su genetički uništeni da nema šanse da se populacija oporavi. Vukovi u ovom nacionalnom parku su nekada imali jako stabilnu i bogatu populaciju. Upravo te vukove i njihov plijen - losose - prati do sada najduža studija odnosa predator-plijen, primjer koji se često može naći u udžbenicima ekologije. Inbreeding (inbriding) je pojava parenje/ukršanja međusobno srodnih jedinki - dakle, to je tehnički i naučni naziv za incest. Dovodi do slabljenja genofonda i pojave vrlo nepovoljnih mutacija. Ovaj par vukova je u bližim odnosima nego svi primjeri krvnog srodstva supružnika u istoriji kraljevskih loza. Koeficijent inbridinga za po

Umiranje koralnih grebena: izbjeljivanje korala

Slika
Koralni greben, izvor: youtube Nedavno smo proslavljali Dan planete Zemlje, međutim, svega nekoliko dana nakon njega, doznala sam neke vrlo ružne vijesti koje stravično precizno pokazuju šta se dešava planeti. Novo istraživanje stepena oštećenosti koralnih grebena - tačnije, Velikog koralnog grebena u Pacifiku, pokazalo je kako su sva prijašnja oštećenja ovih visokovrijednih ekosistema bila mala u odnosu na ovo posljednje 2015./2016.  Istraživanje je sproveo Australian Research Council Centre of Excellence for Coral Reef Studies, a voditelj istraživanja je bio Terry Hughes. Prema ovoj studiji, svega oko 7% ekosistema je uspjelo izbjeći  odumiranje, koje karakteriše izbjeljivanje korala. Zbog toga što korali gube boju, ova pojava je u engleskom dobro opisana kao "bleaching" (izbjeljivanje, ali nisam sigurna da li se to tako može reći kod nas, s obzirom da nam jezik baš i nije bogat izrazima za opisivanje koralnih grebena - ah, ono Wittgensteinovo "moj

Otkriven novi rizik za obolijevanje od raka jajnika

Slika
Ok, frajeri - današnji post je za žene. Rak jajnika. Ovaj tip kancera čini svega oko 3% slučajeva kancera kod žena, ali je vodeći ginekološki uzrok smrti kod žena - uglavnom zato što se kasno otkrije, onda kada je bolest u već unapredovalom stadiju. Za razliku o raka jajnika, rak grlića materice se češće otkriva ranije, zahvaljujući Papa testovima. S jedne strane, nešto što može utjecati na smanjenje rizika od obolijevanja od raka jajnika jesu rjeđe periode. Upotreba oralnih kontraceptivnih sredstava je povezana sa smanjenim rizikom od obolijevanje. Naime pri svakoj ovulaciji dolazi i do oštećenja epitela jajnika, do pojave mikrotrauma na jajnicima i povećava se rizik od oštećenja DNK. Studije iz 1971. su predvidjele ovako nešto, a novije meta-analize (koje su uključile 23 257 žena) potvrdile hipotezu kako manje ciklusa, tj. manje ovulacija znači i smanjen rizik za pojavu raka jajnika. Oralni kontraceptivi mijenjaju prirodu ciklusa i do ovulacije ne dolazi te na taj način

Sintaksa pjesme sjenica

Slika
Velika sjenica, izvor: Wikimedia commons, b y Luc Viatour  Ljudi se sporazumijevaju različitim jezicima, ali svim ljudskim jezicima zajedničko je to što od relativno ograničenog seta riječi (naravno, broj riječi u jednom jeziku se ni ne može utvrditi, ali ipak nije beskonačan, zar ne?) stvara praktično bezgraničan niz značenja. Čak i kada isključimo intonaciju, okvir konteksta i to kome je poruka upućena (a sve to znatno proširuje broj značenja koji se može proizvesti iz ograničenog seta riječi), mogućnosti jezika da nešto iskaže su ogromne, možda ne beskonačne, ali ogromne - da. Ono što omogućava stvaranje značenje od ovih elemenata jeste kombinatorika riječi - sintaksa, pravila kombinovanja riječi. Sintaksa jezik čini tečnim i živim, sintaksa je ono što našem govoru daje ritam i ističe značenje. Sintaksom pravimo upitne i odrične  rečenice od izjavnih. Ok - lažem vas - i morfologija i fonetika to rade, ali sintaksa okrunjuje misao. Zamislite samo da je jedini način n

Moguća regeneracija neurona u Centralnom nervnom sistemu

Slika
Živa bića su fino podešeni sistemi. Naravno, ne treba živa bića smatrati nekom vrstom mehanizma, daleko od toga. Ali, upravo čitam rad o neuroregeneraciji u CNS (centralni nervni sistem), objavljen u online publikaciji eLife (koju podržavaju Max Planck Institute i Wellcome Trust) pod kriptičnim nazivom " GSK3β regulates AKT-induced central nervous system axon regeneration via an eIF2Bε-dependent, mTORC1-independent pathway " u martu ove godine i divim se kako su mehanizmi regulacije u našem organizmu tanani. Iza ovih gotovo nečitljivih šifri stoji rad koji obrazlaže otkriće novih načina signaliziranja između stanica, a vezan je za obnovu nerava u Centralnom nervnom sistemu. Naime, diferencirani, "odrasli" neuroni u CNS-u nemaju sposobnost regeneracije aksona (dugi nastavci neurona). Istovremeno, neuroregeneracija u Perifernom nervnom sistemu (PNS) je donekle moguća, primarno zahvaljujući nervnim faktorima rasta, koje je 1956. otkrila

Kakva je budućnost terapija matičnim stanicama?

Slika
Mitohondrije (žuto), izvor:  BSIP/UIG/Getty Images Inducirane pluripotentne matične stanice (iPS) su sve bliže kliničkoj upotrebi. Dakle, to su matične stanice koje se ne dobivaju od tkiva pupkovine niti iz koštane srži, nego reprogramiranjem već diferenciranih, "odraslih" stanica. Upravo je dobivanje matičnih stanica na ovaj način veoma zanimljivo i upravo je za iPS vezan jedan od najvećih skandala u modernoj istoriji biomedicinskih istraživanja, o čemu (ali i o otkriću iPS) možete nešto više saznati ovdje i u ovom videu: Ipak, prema nalazima objavljenim u časopisu Cell Stem Cell, objavljenim 14.4.2016 ., još se mnogo toga mora učiniti kako bi potencijalne terapije iPS bile djelotvorne. Naime, pitanje je koliko bi terapija vlastitim iPS bila djelotvorna kod starijih pacijenata, a sve zbog akumuliranih mutacija na mitohondrijalnoj DNK. Dakle, na jednoj strani imamo embrionalne matične stanice, koje su efikasne, ali ih se mora uzeti prilikom porođaja iz

GMO šampinjoni neće podlijegati uredbama USDA o GMO

Slika
Izvor: Coolinarika.com Pomoću tehnologije editovanja gena, u SAD je je promijenjena DNK gljive Agaricus bisporus , koju mi poznajemo pod nazivom šampinjon. Šta je promijenjeno? DNK ove pečurke je promijenjena tako da one ne smeđe na zraku, nešto poput čuvenih  Arctic ®  apple s. Naravno, smeđa boja ovih pečurki djelimično govori o njihovoj svježini, ali se ovdje više radi o estetskom doživljaju hrane - bijele pečurke su primamljivije, a ove su otporne na promjenu boje čak i prilikom rezanja, što ih čini vrlo poželjnim i restoranima, ali i na policama supermarketa jer duže izgledaju primamljivo. Ova otpornost na promjenu boje je postignuta brisanjem nekoliko parova baza u genomu šampinjona na genima koji kodiraju polifenol oksidazu (PPO), enzim koji izaziva promjenu boje tkiva pečurke u dodiru za zrakom. Yinong Yang, sa Pennsylvania State University je uspio "ugasiti" jedan od 6 gena za polifenol oksidazu i time umanjiti aktivnost enzima za 30%. Zašto bi ne

Neandertalci i homo sapienKE bili nekompatibilni

Slika
Izvor: Neanderthal Museum (Mettmann, Njemačka) Različite, a filogenetski bliske vrste se ponekad mogu ukrštati - sjetite se primjera konj X magarica i kobila X magarac - njihovo potomstvo su mazge i mule. Međutim, i mazge i mule su neplodni hibridi.  Vrste Homo sapiens i Homo neanderthalensis su se međusobno ukrštale, to je jasno i dokazano. Također, znamo i da 1-3% gena ( prema nekima, čak i do 20% ) kod modernog čovjeka u određenim populacijama (evropska i azijska populacija) potječe od neandertalaca, što je jedan od dokaza interbreedinga. H. neanderthalesnis je izumrla vrsta. Međutim, kako su neandertalci i sapiensi uopšte imali potomstvo? Koliko su bili kompatibilni? Prema radu objavljenom u The American Journal of Human Genetics   - ne previše. Naime, iako je 1-3% neandertalske DNK opstalo u genomu nekih populacija današnjih ljudi, nisu pronađene sekvence neandertalske DNK na Y hromosomima. U ovom radu je analizirana vrlo rijetka sekvenca sa Y hromosoma je

O FENA-i, Klixu, AJB i svim drugim domaćim medijima te pisanju o nauci, HIV-u i editovanju gena

Slika
Ne tvrdim da je moj blog najbolji blog o nauci - ja bih spomenula sjajan blog Balkan komuna iz susjedne Srbije i pohvalila rad Tatjane Rudež za Jutarnji list, ali je Quantum of Science postao jedan od prominentnijih blogova iz oblasti nauke i blogova uopšte, uprkos tome što ga Coca-Cola Blogger Network nije prepoznao kao takav. Quantum of Science ima i pokoju manu, ali i dalje je svjetlosnim godinama ispred mainstream regionalnih medija u izvještavanju o nauci i podizanju svijesti o nauci. Naime Science writing i Science Journalism su specifične oblasti publicistike i novinarstva i nisu za svakoga. Treba poznavati metodologiju naučnog rada, način na koji se čita naučni rad, koja se literatura i periodika prate. Ne možete uzeti Daily Mail ili Matrix kao izvore za pisanje iz oblasti nauke. BBC i Guardian možete, jer ovi mediji vode računa o onome što izlazi iz njihovih radionica. Ipak, preuzimati vijesti od BBC bi bilo čisto prepisivanje - osnovna literatura za svakog ko se b